Если вы получили счет-фактуру по освобожденной от НДС операции, можете принимать налог к вычету. Продавец, который исчислил и предъявил вам НДС добровольно, должен уплатить его в бюджет. А значит, у вас есть полное право на вычет. Это подтверждают чиновники (письмо Минфина от 21.06.2017 № 03-07-15/38864, направлено письмом ФНС от 05.07.2017 № СД-4-3/12986@).
Какова безопасная доля вычетов по НДС в вашем регионе в 2015–2017 годах, узнайте здесь.