Если в одном счете-фактуре вы отразили и свои товары, и товары комитента, регистрируйте его и в книге продаж (в части собственных товаров), и в журнале счетов-фактур (в части комиссионных). Это подтвердила ФНС в своем письме от 08.12.2015 № ЕД-4-15/21535@.

О том, как поступить, если комитент задержал счет-фактуру, читайте в материале «Что делать, если счет-фактура от комитента пришел с опозданием?».

А образец журнала счетов-фактур ищите в статье «Журнал регистрации счетов-фактур - образец 2015».