Если в счете-фактуре отражены товары одного наименования, ввезенные по разным таможенным декларациям, в графе 11 укажите данные всех ГТД (Письмо Минфина России от 23.04.2015 № 03-07-08/23285).

См. также «Какие ошибки в заполнении счета-фактуры не критичны для вычета НДС?».