Если импортированные товары по вашему поручению в страну ввозил посредник и он же платил «ввозной» НДС, вы имеете право на вычет. И даже если товары ввозились агентом одновременно по поручению нескольких организаций, вашему вычету это не помешает. Просто в этом случае дополнительно потребуются документы, подтверждающие уплату налога, относящегося именно к вашему импорту (письмо Минфина от 07.07.2016 № 03-07-08/39774).

Подробнее об «импортном» НДС читайте «Какой порядок возмещения (возврата) НДС при импорте товаров?».