Если имущество использовалось в бизнесе или продажа недвижимости заявлена в ЕГРИП как вид осуществляемой предпринимательской деятельности, платите налог по УСН. Если нет – считайте НДФЛ, при этом можете рассчитывать на имущественный вычет. Это следует из письма Минфина России от 18.07.2016 № 03-11-11/41910.

Другие полезные разъяснения для предпринимателей на упрощенке ищите в рубрике «ИП на УСН».