В целях вычета НДС по расходам на проезд работника к месту командировки и обратно зарегистрируйте в книге покупок авиабилет, в котором сумма налога выделена отдельной строкой. Об этом напомнила ФНС РФ в Письме ФНС России от 21.05.2015 № ГД-4-3/8565.

Если билет электронный, см. наш материал «Принимаем к вычету НДС по электронным авиабилетам».