Выдача работникам трудовых книжек или вкладышей к ним, в том числе по стоимости приобретения, является реализацией, поэтому начислите НДС.

Для налога на прибыль стоимость приобретения книжки учтите в расходах, а ее возмещение работником включите в доходы.

Такие разъяснения дала ФНС РФ в Письме от 23.06.2015 № ГД-4-3/10833@. 

См. также «В трудовых книжках лучше ставить круглую печать».