Аренда жилья не относится к «трудовым» компенсациям, освобожденным от налогообложения ст. 217 НК РФ. Поэтому является доходом работника, с которого вы должны удерживать НДФЛ. На это обратил внимание Минфин в письме от 14.06.2016 № 03-03-06/1/34531.

Вопрос со взносами не так однозначен. Узнайте больше из публикации «Право не платить взносы с аренды жилья для работников вновь подтвердил суд».