Если по договору вы должны возмещать расходы на командировки работников подрядчика (исполнителя) к месту проведения работ (проезд, наем жилья, суточные), не уплачивайте с этих сумм НДФЛ. В случае претензий проверяющих ссылайтесь не на абз. 10 п. 3 ст. 217 НК РФ, который освобождает от налогообложения командировочные расходы, а на то, что эти суммы для вас являются не командировочными физлицам, а оплатой по договору контрагенту-организации за выполненные работы, оказанные услуги, и на постановление АС Северо-Западного округа от 13.12.2018 № Ф07-15323/2018 по делу № А42-1309/2018, в котором этот довод сработал в пользу организации.
Об учете расходов на командировки собственных работников мы рассказали в этой статье.