Для применения ставки НДС 10% на лекарственные препараты должны иметься регистрационные удостоверения. Если срок действия старых закончился, а новые еще не оформлены, применять ставку 10% нельзя.
На это в очередной раз обратил внимание Минфин в письмах от 27.06.2016 № 03-07-07/37262, от 27.06.2016 № 03-07-07/37250. Аналогичные разъяснения контролирующие органы давали и ранее.
В то же время, если для своевременной перерегистрации вы сделали все от вас зависящее, а затянул ее регистрирующий орган, у вас есть шанс отстоять право на пониженную ставку в суде (см. постановление АС Московского округа от 05.09.2014 № Ф05-9677/2014).
О других товарах с пониженной ставкой НДС читайте в статье «Что входит в перечень товаров, облагаемых НДС по ставке 10%?».