Нет, не нужно.
Если покупатель из Казахстана (равно как и из любой другой страны ЕАЭС) возвращает вам товары ненадлежащего качества, вы корректируете базу по экспортному НДС за тот период, в котором согласовали возврат. А обязанностей импортера в этом случае у вас не возникает. То есть платить ввозной НДС, оформлять заявление о ввозе товаров и уплате косвенных налогов и сдавать «косвенную» декларацию вы не должны.
На это указал Минфин в письме от 31.10.2018 № 03-07-14/78177.
В каких случаях и как платить НДС при импорте товаров из Казахстана, читайте в этой статье.