Услуги медучреждений по предварительным периодическим медицинским осмотрам, в том числе по договорам с юрлицами, освобождаются от НДС на основании подп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ, но при условии, что у учреждения есть лицензия (письмо Минфина от 25.08.2016 № 03-07-14/49684).
Если по медосмотрам вам предъявили НДС, см. материал «Вычет НДС по необлагаемой операции возможен, но рискован».