Если работник уехал в командировку или вернулся из нее в выходной, компенсацию за этот день вы можете учесть в расходах на оплату труда (п. 3 ст. 255 НК РФ) при условии, что работа в выходные и праздничные дни предусмотрена правилами внутреннего распорядка организации (Письмо ФНС России от 20.08.2014 № СА-4-3/16564@).

Об учете оплаты труда в выходные и праздники в других ситуациях см. в нашем материале "Как правильно рассчитать оплату выходного дня и учесть ее в расходах для целей налогообложения прибыли".