Можно, но только если правила внутреннего распорядка организации предусматривают работу в выходные и праздничные дни. Тогда компенсации за дни отъезда в командировку и дни прибытия из нее, приходящиеся на выходные, учитываются в расходах на оплату труда (Письмо Минфина России от 16.10.2015 № 03-03-06/2/59267).

См. также «Расходы на проезд в командировку нельзя подтвердить командировочным удостоверением».