При покупке электронного билета расходы на перелет подтверждает посадочный талон с отметкой о досмотре пассажира в аэропорту. Если в аэропорту штамп не поставили, нужно получить справку о перелете у авиаперевозчика или его представителя.

Об этом — письмо Минфина от 09.10.2017 № 03-03-06/1/65743.

Порядок учета командировочных расходов в 2017 году — в этой статье.