Вы посчитали, что не должны платить с операции НДС и не предъявили его покупателю. Но впоследствии (например, при проверке) оказалось, что освобождение использовалось незаконно. Доначисляйте налог на цену договора. Применять расчетную ставку и выдергивать его из суммы в этом случае нельзя (письмо ФНС от 05.10.2016 № СД-4-3/18862).
Доначисленный налог можете предъявить покупателю. Если он не захочет платить, идите в суд. В таких случаях арбитры, как правило, принуждают покупателей к доплате (см., например, постановления Президиума ВАС РФ от 29.09.2010 № 7090/10, ФАС Московского округа от 10.04.2012 № А40-73383/11-12-622, ФАС Дальневосточного округа по делу № А51-13919/2010 и др.). Отказать могут, если выяснится, что вы намеренно вводили покупателя в заблуждение относительно освобождения (см. постановление Президиума ВАС РФ от 14.06.2011 № 16970/10).
Подробнее о расчете НДС читайте в статье «Как правильно начислить НДС на сумму (проводки)?».
См. также «Как считать НДС: правильно вычисляем 18% от суммы (пример, алгоритм)».