НДС по ставке 20% облагаются товары, работы, услуги, имущественные права, реализованные с 01.01.2019. При оформлении корректировочных счетов-фактур к отгрузкам 2018 года и более ранним в них нужно указывать ставку налога, которая действовала на дату отгрузки, то есть 18%.
На это указывал Минфин в письме от 22.10.2018 № 03-07-09/75650.
Это значит, что если вы в 2019 году согласовываете с покупателем увеличение стоимости старой отгрузки и соответствующую доплату, то эта доплата должна облагаться НДС по старой, а не по новой ставке.
Как оформить корректировочный счет-фактуру на увеличение стоимости, читайте в этой статье.