Округлять НДС в счете-фактуре, книге продаж и книге покупок нельзя, его отражают в рублях и копейках. Так установлено п. 3 Правил заполнения счета-фактуры, п. 3 Правил заполнения корректировочного счета-фактуры, п. 8 Правил ведения книги покупок, п. 9 Правил ведения книги продаж (все утверждены постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). На это указывает и Минфин в письмах от 15.10.2019 № 02-07-10/79001, от 22.04.2014 № 03-07-07/18585.
В этой связи в счете-фактуре суммированный итог НДС по позициям (именно он будет указан в документе и пойдет в НДС-регистры) может не соответствовать НДС, который вы попробуете рассчитать от общей итоговой суммы. Это не ошибка.
Что касается округления НДС в декларации, то в разделы 8-12 сумму налога из книг покупок и продаж, журнала учета полученных и выставленных счетов фактур также нужно перенести в рублях и копейках. А вот разд. 1-7 заполняются в полных рублях (п. 15 Порядка заполнения декларации по НДС, утв. приказом ФНС от 29.10.2014 № ММВ-7-3/558@). При этом разница между суммой НДС в книге продаж и суммой налога по декларации, которая образовалась в результате округления, недоимкой не считается.
Заметим, что с 01.07.2021 действуют новые бланки счетов-фактур, книги покупок и книги продаж. Обновление бланка вызвано внедрением системы прослеживаемости товаров. Использовать новые бланки обязаны все налогоплательщики, даже в случае, если товары не включены в систему прослеживаемости. Подробнее об изменениях мы рассказали здесь.
А начиная с отчетности за 3 квартал, применяется новая форма декларации по НДС.