Храните электронные счета-фактуры в первозданном, то есть электронном, виде. Распечатывать и подшивать их бумажные версии не требуется. Это подтвердил Минфин России в письме от 13.01.2016 № 03-03-06/1/259. Совместно с ними должен храниться и сертификат ключа ЭЦП, которой они были подписаны.
Напомним, подпись на электронных счетах-фактурах может быть только усиленная квалифицированная.
Важно учесть! Рекомендация от "КонсультантПлюс":
Условия, которые вы должны выполнить, чтобы выставлять и получать электронные счета-фактуры, следующие:
1) заключите договор с оператором ЭДО, через которого...(подробнее смотрите в К+).
Со сроками хранения счетов-фактур и не только можно ознакомиться в статье «Основные сроки хранения документов в организации (архив)».