Если вы потеряли счет-фактуру, подтвердить вычет НДС дубликатом нельзя. На это указывает Минфин в письмах от 02.04.2019 № 03-07-09/22581, от 14.02.2019 № 03-07-09/9057.
Уточним, что ведомство рассмотрело ситуацию, когда дубликат был составлен по форме, отличной от формы оригинала (в промежутке между их выпиской изменился бланк, и продавец выдал дубликат на новом), и подписан новым сотрудником. То есть то, что это не оригинал, сразу бросалось в глаза.
С 01.07.2021 действует новый бланк счета-фактуры, в т.ч. корректировочного, в редакции постановления Правительства РФ от 02.04.2021 № 534. Обновление бланка вызвано внедрением системы прослеживаемости товаров. Использовать новый бланк обязаны все налогоплательщики, даже в случае, если товары не включены в систему прослеживаемости. Подробнее об изменениях, внесенных в счет-фактуру, мы рассказали здесь.
Эксперты КонсультантПлюс подготовили пошаговую инструкцию по оформлению каждой строки обновленного счета-фактуры. Чтобы все сделать правильно, получите пробный доступ к системе и переходите в Путеводитель. Это бесплатно.
Если же дубликат воспроизводит оригинал на 100%, о подмене никто и не догадается. Налоговики ведь не будут проверять чернила в подписях на свежесть. Но если настолько точно воспроизвести документ продавец не может (например, уволился сотрудник, который его подписывал), тогда лучше попросить не дубликат, а заверенную копию счета-фактуры. К ним налоговики придираются меньше.
Что касается судей, то они принимают и то и другое. См., например, постановление Президиума ВАС от 09.11.2010 № 6961/10 (здесь о копиях), постановление Третьего ААС от 26.02.2016 № А74-7111/2015 (о дубликатах).
А вот что точно не следует делать дубликатом, так это исправлять в счетах-фактурах ошибки. Для этого есть специальные правила.
О порядке исправления счетов-фактур читайте в этой статье.