Если вы потеряли счет-фактуру, подтвердить вычет НДС дубликатом нельзя, считают в Минфине (письма от 02.04.2019 № 03-07-09/22581, от 14.02.2019 № 03-07-09/9057).
Уточним, что ведомство рассмотрело ситуацию, когда дубликат был составлен по форме, отличной от формы оригинала (в промежутке между их выпиской изменился бланк, и продавец выдал дубликат на новом), и подписан новым сотрудником. То есть то, что это не оригинал, сразу бросалось в глаза.
ВАЖНО! С 1 октября 2024 года счет-фактура и корректировочный счет-фактура применяются в редакции постановления Правительства от 16.08.2024 № 1096. Можно ли принять к вычету НДС по счету-фактуре, выставленному по старой форме, которая действовала до 1 октября 2024 г., узнайте в «КонсультантПлюс». Пробный доступ бесплатный.
Если же дубликат воспроизводит оригинал на 100%, о подмене никто и не догадается. Налоговики ведь не будут проверять чернила в подписях на свежесть. Но если настолько точно воспроизвести документ продавец не может (например, уволился сотрудник, который его подписывал), тогда лучше попросить не дубликат, а заверенную копию счета-фактуры. К ним налоговики придираются меньше.
Что касается судей, то они принимают и то и другое. См., например, постановление Президиума ВАС от 09.11.2010 № 6961/10 (здесь о копиях), постановление Третьего ААС от 26.02.2016 № А74-7111/2015 (о дубликатах).
А вот что точно не следует делать дубликатом, так это исправлять в счетах-фактурах ошибки. Для этого есть специальные правила.
О порядке исправления счетов-фактур читайте в этой статье.