Если вы перешли на ПСН, но случается, что выставляете счета-фактуры с НДС, не забывайте перечислять налог в бюджет. Этого требует п. 5 ст. 173 НК РФ (письмо Минфина от 24.10.2016 № 03-07-14/61770).
Декларацию тоже нужно представлять, причем строго в электронном виде (п. 5 ст. 174 НК РФ). И помните, что платить налог вы должны единовременно, а не частями, как это делают плательщики НДС (п. 4 ст. 174 НК РФ).
Все подробности уплаты НДС ищите здесь.