Да, платить, считает Минфин (письмо от 28.08.2018 № 03-07-14/61003).
Когда вы погашаете заем деньгами, НДС не уплачивается. Но в случае передачи в оплату долга недвижимости (а равно любого другого имущества) возникает объект по НДС и обязанность по уплате налога.
Уплачивается ли НДС при безвозмездной передаче имущества, узнайте здесь.