Увы, платят. Если программы для ЭВМ продаются по договору купли-продажи, а не по лицензионному договору, освобождение по подп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ не работает. На это указал Минфин в письме от 04.09.2017 № 03-07-07/56481.
Подробнее об уплате НДС при продаже компьютерных программ читайте в статье «Законна ли продажа программного обеспечения без НДС?».