Чтобы применить любой вычет по НДФЛ, к примеру, имущественный или социальный, необходимы доходы, облагаемые этим налогом по ставке 13%, кроме дивидендов.
Если таких доходов у ИП, бизнес которого находится на спецрежиме (УСН, ЕНВД, ПСН), нет, реализовать право на вычет не получится.
Об этом – письма Минфина от 27.04.2016 № 03-11-11/24308, № 03-11-11/24297.
См. также «Налоговый вычет при покупке квартиры для ИП (нюансы)».
Если же ИП продает квартиру, жилой дом, комнату, дачу и другую недвижимость или транспортные средства, которые находились в собственности менее 5 лет и использовались в предпринимательской деятельности, с 2019 года он вправе уменьшить сумму доходов (применить имущественный вычет) на 1 000 000 руб. (при продаже недвижимости) или 250 000 руб. (при продаже авто).
Подробности см. в публикации "С 2019 года продажа части имущества ИП льготируется".