НДФЛ, который вы по ошибке уплатили в большем размере, можно зачесть в счет будущих платежей. Но только при условии, что налог уплачен за налогоплательщиков, а не из ваших собственных средств, то есть если и удержано у работников было больше, чем нужно.
При этом зачет возможен в счет ваших предстоящих обязательств агента по данному налогу. Зачесть эту переплату в счет налогов, которые вы платите как налогоплательщик, нельзя.
Факт ошибочного излишнего перечисления денег по реквизитам НДФЛ, а также факт излишнего удержания налога должны подтверждать выписка из регистра налогового учета и платежные документы.
Об этом — в письме Минфина от 22.01.2018 № 03-02-07/1/3224.
Что про зачет переплаты по НДФЛ говорит Верховный суд, узнайте здесь.
- за счет средств налогоплательщика. На основании абз. 2 п. 1 ст. 231 НК РФ налоговый агент обязан сообщить налогоплательщику о каждом ставшем известным ему факте и сумме излишне удержанного налога в течение 10 дней со дня его обнаружения. Вам нужно представить в налоговую заявление о возврате излишне перечисленной суммы или ее зачете (какое заявление вам напишет работник), в счет будущих выплат. Помимо заявления придется приложить регистры налогового учета свидетельствующие о переплате.
- за счет собственных средств. Вам нужно все равно заплатить налог, так как зачесть в счет переплаты вы ее не сможете и также подать заявление об образовавшейся переплате, приложив оправдательные документы.
Работнику вы кстати можете вернуть налог сразу или договорится с ним о зачете (если из его средств). Подробнее здесь