В служебной командировке работник выполняет трудовые обязанности, а средний заработок за дни нахождения в ней — это часть заработной платы. Следовательно, и в 6-НДФЛ его отражают как зарплату. Так, средний заработок командированного признается его доходом в последний день месяца, за который он был начислен. И именно эту дату надо проставить в строке 100 раздела 2 расчета 6-НДФЛ.
Об этом сказано в письмах ФНС от 17.04.2018 № БС-4-11/7320@, от 21.07.2017 № БС-4-11/14329@.
Как в 6-НДФЛ отражается компенсация за неиспользованный отпуск, узнайте здесь.