Если выплаты при увольнении связаны с производственными результатами, НДФЛ с них нужно платить в любом случае. И не важно, укладываются они в необлагаемый лимит (3-х или 6-месячный средний заработок) или нет. Такие выплаты являются поощрительными, а не компенсационными, поэтому под действие п. 3 ст. 217 НК РФ не подпадают.
На это обратил внимание Минфин в письме от 09.03.2017 № 03-04-06/13116.
Как происходит увольнение в период болезни, читайте: