Расходы на модернизацию ОС, которое было полностью самортизировано, нельзя учитывать единовременно. Это нужно делать через амортизацию.
Что такое полностью самортизированные основные средства, читайте здесь.
Для этого увеличьте первоначальную стоимость объекта на стоимость работ по модернизации. Дальше амортизацию начисляйте по тем же нормам, которые были определены при вводе ОС в эксплуатацию (письма Минфина от 02.12.2020 № 03-03-06/1/105122, от 13.07.2020 № 03-03-06/1/60600). Если работы увеличили срок полезного использования объекта, можете амортизировать его по новой норме, рассчитанной исходя из нового СПИ (письма Минфина от 30.08.2019 № 03-03-06/1/66957, от 25.10.2016 № 03-03-06/1/62131).
Пример амортизации полностью самортизированного ОС от "КонсультантПлюс"
В марте 2016 г. введен в эксплуатацию автомобиль первоначальной стоимостью 1 400 000 руб. (без НДС) и СПИ 50 мес. (с апреля 2016 г. по май 2020 г.). В июне 2020 г. проведена модернизация на сумму 720 000 руб. (без НДС). СПИ после модернизации в бухгалтерском и налоговом учете увеличился на 6 месяцев.
Начиная с июля 2020 г. организация начисляет амортизацию по автомобилю:
Смотрите пример полностью в К+.