В обязательном порядке использовать квалифицированную электронную подпись нужно на электронных счетах-фактурах и при электронном взаимодействии с налоговыми органами, включая сдачу налоговой отчетности. Во всех остальных случаях ЭДО с партнерами достаточно простой или усиленной неквалифицированной ЭП. Документ, подписанный такой подписью, подойдет и для бухгалтерского и для налогового учета.
Об этом – письмо Минфина России от 11.01.2016 № 03-03-06/61.
Добавим, что квалифицированной подписи требует также электронное взаимодействие с фондами.
Подробнее о данной подписи вы можете узнать из статьи «Усиленная квалифицированная электронная подпись — что это такое?».