Скажите пожалуйста как проверить все ли расходы отразились в книге доходов и расходов ?

Такой очень общий вопрос у Вас... Все оплаты, которые Вы производили с расчетного счета и с кассы можно полностью отнести в расходы, или были какие-то платежи, которые нельзя учесть в налоговом учете? Сложите кредитовые обороты по счету 50 и 51 и сверьтесь с суммой расходов. Но там, конечно, множество нюансов и расхождений может быть.
Лучший вариант - распечатайте книгу и начните сверять по каждому дню, по каждой операции - всё, что я могу посоветовать.