Если ваша организация по требованию налогового органа излишне уплатила налоги, то право на их возврат не должно зависеть от предварительного обжалования вами решения налогового органа об их начислении. На это обратил внимание Верховный Суд РФ в своем Определении РФ от 20.06.2016 N 304-КГ16-3143.

Узнать, какие вопросы возникают у бухгалтера при возврате/зачете переплаты, а также увидеть исчерпывающие ответы на них, вы можете из материала «Ст. 78 НК РФ (2015): вопросы и ответы».