Если вы согласовали с покупателем уменьшение стоимости выполненных работ, поставленных товаров или оказанных услуг, а остаток оплаты зачли в счет будущих поставок, нужно начислить «авансовый» НДС. По сути, теперь эта сумма стала предоплатой. Отразите ее в базе по налогу того периода, в котором договором, соглашением или иным первичным документом подтверждено согласие (или факт уведомления) покупателя на уменьшение стоимости.

Так требует Минфин (письмо от 03.10.2017 № 03-07-11/64367).

Напомним, что на аванс выставляется счет-фактура. Правила его оформления в 2017-2018 годах вы найдете тут.

А на уменьшение стоимости отгрузки (работ, услуг) потребуется корректировочный счет-фактура. Как оформляют его, смотрите здесь.