Деньги, полученные от покупателя в качестве обеспечения исполнения обязательств по договору поставки, в том числе по оплате товара, включите в базу по НДС. Этого требует Минфин (см. письмо от 16.08.2016 № 03-07-11/47861).

Подробнее см. «Нужно ли исчислять НДС с денежных средств, полученных в качестве обеспечительного (гарантийного) платежа, залога, депозита?».