При составлении расчета по форме 6-НДФЛ раздел 1 заполняйте нарастающим итогом с начала года, а в разделе 2 показывайте только те операции, которые имели место за 3 последних месяца. Об этом сказано в письме ФНС РФ от 18.02.2016 № БС-3-11/650.

См. также «ФНС рассказала, как заполнить 6-НДФЛ, если зарплата начислена в одном квартале, а выплачена в следующем».