Если зарплата за январь – март выплачена только в апреле, в строках 070 – 080 расчета 6-НДФЛ за 1 квартал нужно проставить нули. Раздел 2 при этом не заполняется. Его вы заполните в отчете за полугодие, когда зарплата будет выдана (письмо ФНС от 24.05.2016 № БС-4-11/9194).

См. также «Новые разъяснения ФНС об отражении в 6-НДФЛ зарплаты, выданной до конца месяца».