НДС с расходов по проживанию работника в командировке вы можете взять к вычету, если сами расходы учитываете для налога на прибыль. Это первое условие. Второе: работник должен приложить к авансовому отчету БСО, в котором НДС выделен отдельной строкой. Именно его вы и зарегистрируете в книге покупок. Об этом напомнил Минфин в письме от 30.10.2018 № 03-07-11/77701.
Подробнее об учете командировочных расходов читайте здесь.