Если вы приобретаете товары, работы, услуги через цепочку посредников, вычет НДС заявляйте на основании счетов-фактур, выставленных вам вашим агентом. Есть ли у вас при этом копии счетов-фактур первоначального (то есть фактического) продавца ТРУ, которые он составлял для субагента, не важно. Это подтвердила ФНС (письмо от 04.10.2017 № СД-4-3/20003@).
Подробнее о счетах-фактурах в сделках с посредниками читайте в статьях: