В вычете не откажут, но признать расходы на перевозку для прибыли будет проблематично.
Вычет НДС по импортным товарам применяется после их принятия на учет на основании документов об уплате налога и таможенной декларации, которая собственно и подтверждает ввоз. Еще одним условием для вычета является использование товаров в облагаемых НДС операциях. Отсутствие оригиналов транспортных документов, в т. ч. CMR, основанием для отказа в вычете не является.
Это подтвердил Минфин (письмо от 24.10.2017 № 03-07-08/69626).
В то же время ведомство обратило внимание на то, что оригинал CMR в данном случае является документальным подтверждением транспортных расходов в целях налога на прибыль. Списать расходы без него не получится.
Подробнее о CMR читайте в статье «CMR международная товарно-транспортная накладная — бланк».