Если вы в заявительном порядке возместили НДС, а впоследствии выяснилось, что права на возмещение у вас не было, вы должны вернуть излишне полученные суммы в бюджет, а также уплатить проценты за пользование бюджетными деньгами – исходя из двукратной ставки рефинансирования (п. 17 ст. 176.1 НК РФ).
А помимо процентов с вас могут потребовать и штраф по ст. 122 НК РФ в размере 20% от излишне возмещенной суммы. Дело в том, что на дату получения возмещения у вас образуется недоимка перед бюджетом. А значит, есть все основания для привлечения к ответственности. Тот факт, что вами уплачены проценты, наказания по ст. 122 НК РФ не отменяет.
К таким выводам пришел ВС РФ в определении от 24.05.2017 № 305-КГ16-21444 по делу № А40-75563/2016.
Подробнее о заявительном порядке возмещения читайте здесь.
Про общий порядок см. статью «Как возвращается НДС: схема возврата (возмещения)?».