Храните электронные счета-фактуры в первозданном, то есть электронном, виде. Распечатывать и подшивать их бумажные версии не требуется (письма ФНС от 19.07.2017 № СД-4-3/14079@, Минфина от 13.01.2016 № 03-03-06/1/259).
Совместно с ними должен храниться и сертификат ключа ЭЦП, которой они были подписаны.
Напомним, подпись на электронных счетах-фактурах может быть только усиленная квалифицированная.
Важно учесть! Рекомендации от «КонсультантПлюс»:
Вместе с электронными счетами-фактурами вы должны хранить документы и информацию, сопровождающие электронный документооборот (ЭДО) счетов-фактур (п. 10 Порядка выставления и получения счетов-фактур в электронной форме).
По каждому электронному счету-фактуре, выставленному или полученному вами, нужно хранить (п. п. 15, 21, 22.1 Порядка выставления и получения счетов-фактур в электронной форме):
подтверждение...
Подробнее см. в готовом решении. Пробный доступ бесплатный.
Со сроками хранения счетов-фактур и не только можно ознакомиться в статье «Основные сроки хранения документов в организации (архив)».