Порядок расчета пропорции раздельного учета НДС в случаях, когда меняется стоимость отгруженных товаров, выполненных работ, оказанных услуг, ст. 170 НК РФ не урегулирован. По мнению Минфина, в этом случае учитывать изменение выручки нужно за тот налоговый период, на который приходится день отгрузки (письмо от 09.07.2018 № 03-07-11/47590). Иными словами, придется пересчитать пропорцию и скорректировать вычеты, заявленные за период отгрузки, а при необходимости также подать уточненку за этот период.
Подробнее о том, как ведется раздельный учет по НДС, читайте здесь.