Возврат покупателем из ЕАЭС некачественного товара импортом не является, подтверждают в Минфине (письмо от 01.09.2017 № 03-07-13/1/56235).
Поэтому платить при обратном ввозе брака НДС и подавать заявление о ввозе не нужно. Продавцу придется всего лишь скорректировать НДС-базу по экспорту — в том периоде, когда был согласован возврат.
Про НДС при импорте из Белоруссии в Россию в 2016-2017 годах читайте здесь.