При поставках крупногабаритного оборудования по частям датой отгрузки для целей НДС нужно считать дату составления первичного документа на отгрузку последней части оборудования. Так сказал Минфин (письмо от 29.10.2018 № 03-07-11/77373).
На эту дату начисляйте НДС, от нее же отсчитывайте пять дней на выставление счета-фактуры.
См. также: «Срок на выставление счета-фактуры — с учетом дня отгрузки или нет?».