Согласно Обзору практики рассмотрения судами дел, связанных с применением главы 23 Налогового кодекса РФ, утв. Президиумом Верховного Суда РФ от 21.10.2015 года, в случае обращения работника с заявлением о предоставлении имущественного налогового вычета, налоговый агент (работодатель) возвращает гражданину соответствующую сумму налога, удержанную с начала налогового периода (календарного года), в котором было подано такое заявление.
Согласен с этим и Минфин (письмо от 06.03.2020 № 03-04-05/16897).
Смотрите пример предоставления имущественного вычета работодателем при обращении работника за вычетом в течение года. Это можно сделать бесплатно, оформив пробный доступ к КонсультантПлюс.
О нюансах предоставления имущественного вычета при покупке квартиры в ипотеку мы рассказали в статье.
Как заполнить 3-НДФЛ на имущественный вычет, читайте здесь.
Но есть письма Минфина и судебные решения в пользу того, что вычеты применяются к доходам с начала года, т.е. Вам нужно будет пересчитать налог и вернуть его налогоплательщику - см. письмо Минфина России от 22 ноября 2016 г. № 03-04-06/68714, определение Верховного Суда РФ от 13 апреля 2015 № 307-КГ15-324.