В целом безопаснее предоставить вычет с месяца получения уведомления, за остатком работник вправе обратиться в инспекцию по окончании года. А почему Вы применили вычет к доходам за сентябрь? Мне кажется, что его нужно применять к доходам за октябрь.
Но есть письма Минфина и судебные решения в пользу того, что вычеты применяются к доходам с начала года, т.е. Вам нужно будет пересчитать налог и вернуть его налогоплательщику - см. письмо Минфина России от 22 ноября 2016 г. № 03-04-06/68714, определение Верховного Суда РФ от 13 апреля 2015 № 307-КГ15-324.
Но есть письма Минфина и судебные решения в пользу того, что вычеты применяются к доходам с начала года, т.е. Вам нужно будет пересчитать налог и вернуть его налогоплательщику - см. письмо Минфина России от 22 ноября 2016 г. № 03-04-06/68714, определение Верховного Суда РФ от 13 апреля 2015 № 307-КГ15-324.