Если НДФЛ был уплачен с полной суммы, а требовать излишек назад вы не будете, то ничего.
Когда вы посчитаете зарплату верно, в учете повиснет долг работника по зарплате, а у вас, соответственно, переплата по ней и по НДФЛ. При списании этого долга дополнительной выгоды, помимо самой ошибочной выплаты, у бывшего сотрудника не будет. А налог с нее вы уже удержали и уплатили в бюджет. Значит, никаких дополнительных обязательств ни у вас, ни у работника не возникнет.
Это подтвердил Минфин в письме от 26.12.2017 № 03-04-06/86736.
Всё про расчет и выплату заработной платы при увольнении ищите в этой статье.