НДФЛ с доходов работников подразделения нужно перечислять в налоговую, где на учете стоит ОП. Если вы ошиблись и отправили деньги в инспекцию головного офиса, там будет переплата, а у подразделения недоимка. Но пени в этом случае начисляться не должны, поскольку налог всё же попал в бюджет. Нет и оснований для штрафа (см. письмо ФНС от 24.11.2017 № ГД-4-11/23852).
Однако платеж нужно уточнить. Такая возможность у вас есть, поскольку неправильное указание реквизитов ОП не входит в перечень оснований для признания обязанности по уплате налога неисполненной. На это обратила внимание ФНС в письме от 09.08.2017 № ГД-4-11/15676.
Напомним, уточнение платежа невозможно, если ошибка допущена в номере счета Федерального казначейства или наименовании банка – получателя платежа (подп. 4 п. 4 ст. 45 НК РФ). Все остальные реквизиты можно уточнять.
Как составить заявление на уточнение платежа и почему уточнение платежа лучше зачета, который в данном случае тоже возможен, узнайте здесь.