Если ошибка допускает возможность уточнения платежа, лучше подать именно заявление об уточнении, а не о зачете.
Какие реквизиты можно уточнить, а когда придется платить налог заново, узнайте здесь.
Важно! КонсультантПлюс предупреждает
Уточнить платеж можно при одновременном соблюдении трех условий (п. 7 ст. 45 НК РФ):
1) с даты перечисления средств по ошибочной платежке прошло не больше трех лет. Если три года уже истекли, платеж не уточнят. Зачесть или вернуть его через инспекцию также не получится (п. 7 ст. 78 НК РФ). Поэтому рекомендуем регулярно проверять состояние расчетов с бюджетом и своевременно уточнять ошибочные платежи;
Остальные условия, а также рекомендации по составлению заявления смотрите в К+. Пробный доступ бесплатен.
При подаче заявления о зачете обязанность по уплате налога признается исполненной на дату вынесения соответствующего решения. А его налоговики могут принимать в течение 10 рабочих дней со дня получения заявления. Если это произойдет за пределами установленного срока уплаты, пеней за период с окончания срока уплаты до даты зачета не избежать.
Когда вы обратитесь в налоговую с просьбой уточнить реквизиты, налог будет считаться уплаченным на дату отправки платежки с ошибкой. И если вы перечислили деньги в срок, то пени платить не придется.
Об этом — в письме ФНС от 11.04.2017 № ЗН-4-22/6853.
Образец заявления об уточнении платежа можно скачать здесь.