Если больничный назначен работнику в одном отчетном периоде по 6-НДФЛ, а выдан в следующем, отразите его в расчете периода фактической выплаты, а в периоде начисления не показывайте совсем, ни в первом, ни во втором разделе. Объяснение простое — для целей НДФЛ датой получения дохода в виде пособия по временной нетрудоспособности является дата выплаты. Поэтому оснований для включения пособия в период болезни / начисления нет.
Так, в расчет за 2021 год не нужно включать пособие за первые 3 дня болезни, которые пришлись на декабрь, но были оплачены в январе. Они пойдут в расчет за 1 квартал 2022 года как в 1, так и во 2 раздел.
Пример заполнения 6-НДФЛ с больничным смотрите в «КонсультантПлюс», оформив бесплатный пробный доступ.
См. также нашу статью.