Если командированный сотрудник летел в бизнес-классе, то стоимость авиабилетов можно учесть в расходах при наличии соответствующих проездных билетов (Письмо УФНС по г. Москва от 26.08.2014 № 16-15/084374).
О том, какие документы подтверждают перелет командированного работника, см. в нашем материале "Документальное оформление перелета командированного работника".